1959 metais Kybartų rajonas buvo suskirstytas į 10 apylinkių. Apylinkės ir jų gyvenvietės 1959 m. vasario 1 d. duomenimis buvo aprašytos suskirstymo žinyno dviejose dalyse – I dalyje pagal administracinę priklausomybę (taip pat nurodant atstumą iki administracinio centro), II dalyje – pagal abėcėlę. Didžioji dauguma gyvenviečių buvo nurodytos kilmininko linksniu, mažuma (daugiausia miesto vietovės) – vardininko.
| Miestas | Miesto tipo gyvenvietė | Apylinkė | Centras | Atstumas iki rajono centro, km | Plotas, km² | Ūkiai |
|---|
| Kybartai | | | | 0 | 4,38 | |
| Virbalis | | | | 4 | 1,98 | |
| | Gražiškių apylinkė | Gražiškiai | 25,5 | 58 | „Gražiškiečio“ kolūkis, „Lenino keliu“ kolūkis, „Tiesos“ kolūkis |
| | Griebčių apylinkė | Vilkupiai | 8,5 | 46 | „Už taiką“ kolūkis, „Švyturio“ kolūkis |
| | Molinių apylinkė | Kybeikiai | 3,5 | 36,4 | „Laisvės“ kolūkis, „Šilupės“ kolūkis |
| | Pajevonio apylinkė | Kunigiškiai | 15 | 67,9 | M. Melnikaitės vardo kolūkis, „Pergalės“ kolūkis, „Spindulio“ kolūkis, K. Giedrio vardo kolūkis |
| | Pavištyčio apylinkė | Pavištytis | 28 | 28,6 | „Gimtosios žemės“ kolūkis, „Tarybų Lietuvos“ kolūkis |
| | Stanaičių apylinkė | Bajorai | 3 | 44,6 | Černiachovskio vardo kolūkis, Gutkaimio tarybinio ūkio centras ir Gutkaimio bei Šikšnių skyriai |
| | Totorkiemio apylinkė | Totorkiemis | 14,5 | 54 | „Meiliūnų“ kolūkis, „Aušros“ kolūkis |
| | Trilaukio apylinkė | Karalkrėslis | 19 | 47,11 | V. Mickevičiaus-Kapsuko vardo kolūkis, „Komjaunuolio“ kolūkis, „Širvintos“ kolūkis |
| | Virbalio apylinkė | Virbalis | 4 | 60,5 | J. Janonio vardo kolūkis, Stalino vardo kolūkis, „Paryžiaus Komunos“ kolūkis, „Šukių“ kolūkis |
| | Vištyčio apylinkė | Vištytis | 22 | 35,6 | „Vištyčio“ kolūkis, „Vienybės“ kolūkis |
Miesto vietovės
| Žinyno I dalis | Žinyno II dalis | Gyvenvietės straipsnis |
|---|
| Gyvenvietė | Atstumas, km | Gyvenvietė |
|---|
| Kybartai, m. | | Kybartų m. | Kybartai |
| Virbalis, m. | | Virbalio m. | Virbalis |
| | Virbalio gelež. st. | Virbalio GS |
| Žinyno I dalis | Žinyno II dalis | Gyvenvietės straipsnis |
|---|
| Gyvenvietė | Atstumas, km | Gyvenvietė |
|---|
| Bambininkų km. | 2,5 | Bambinių km. | Bambiniai |
| Donelaičių km. | 3 | Duonelaičių km. | Duonelaičiai |
| Gražiškių m-lis | 0 | Gražiškių m-lis | Gražiškiai |
| Gražupių km. | 0,5 | Gražupių km. | Gražupiai |
| Karpiejų km. | 1,8 | Karpiejų km. | Karpiejai |
| Kregždžių km. | 3 | Kregždžių km. | Kregždžiai |
| Lankupėnų km. | 5 | Lankupėnų km. | Lankupėnai |
| Ramovietės km. | 5 | Ramovietės km. | Ramovietė |
| Skardupių km. | 5,5 | Skardupių km. | Skardupiai (Gražiškiai) |
| Šilsodžio km. | 4 | Šilsodžio km. | Šilsodis |
| Žiogelių km. | 6 | Žiogelių km. | Žiogeliai (Vilkaviškis) |
| Žinyno I dalis | Žinyno II dalis | Gyvenvietės straipsnis |
|---|
| Gyvenvietė | Atstumas, km | Gyvenvietė |
|---|
| Baublaukio km. | 6 | Boblaukio km. | Boblaukis |
| Bijotų km. | 4,3 | Bijotų km. | Bijotai (Kybartai) |
| Gegužių km. | 1,7 | Gegužių km. | Gegužiai (Vilkaviškis) |
| Griebčių km. | 1 | Griebčių km. | Griebčiai |
| Gustaičių km. | 5 | Gustaičių km. | Gustaičiai (Vilkaviškis) |
| Gudkaimio km. | 3 | Gutkaimio km. | Gudkaimis |
| Kregždžių km. | 4 | Kregždžių km. | Kregždžiai (Kybartai) |
| Kurmiškių km. | 1,5 | Kurmiškių km. | Kurmiškiai (Vilkaviškis) |
| Lygumų km. | 3,7 | Lygumų km. | Lygumai (Vilkaviškis) |
| Medininkų km. | 3,5 | Medininkų km. | Medininkai (Vilkaviškis) |
| Obeliškių km. | 5,5 | Obeliškių km. | Obeliškiai (Vilkaviškis) |
| Obšrūtėlių km. | 2,5 | Obšrūtėlių km. | Opšrūtėliai |
| Paražnių km. | 3 | Paražnių km. | Paražniai |
| Peletrūnų km. | 2,5 | Peletrūnų km. | Peletrūnai |
| Rutkiškių km. | 5 | Rutkiškių km. | Rutkiškiai (Kybartai) |
| Saugučių km. | 3,5 | Saugučių km. | Saugučiai |
| Skardupių km. | 6 | Skardupių km. | Skardupiai (Kybartai) |
| Šiaudiniškių km. | 4,3 | Šiaudiniškių km. | Šiaudiniškiai |
| Šikšnių km. | 3,5 | Šikšnių km. | Šikšniai (Vilkaviškis) |
| Šuklių km. | 4 | Šuklių km. | Šūkliai |
| Varpučių km. | 3 | Varpučių km. | Varpučiai (Vilkaviškis) |
| Vilkupių km. | 0 | Vilkupių km. | Vilkupiai |
| Žinyno I dalis | Žinyno II dalis | Gyvenvietės straipsnis |
|---|
| Gyvenvietė | Atstumas, km | Gyvenvietė |
|---|
| Aleksandravo km. | 5,5 | Aleksandravo km. | Aleksandravas (Vilkaviškis) |
| Ančlaukio km. | 3,5 | Ančlaukio km. | Ančlaukys |
| Aspertavo km. | 1 | Aspertavo km. | Aspertavas |
| Dobrovolės km. | 4,7 | Dobrovolės km. | Dabravolė (Pajevonys) |
| Egliniškių km. | 7,5 | Egliniškių km. | Egliniškiai (Pajevonys) |
| Eglupių km. | 1,5 | Eglupių km. | Ėglupiai |
| Gudelių km. | 3,2 | Gudelių km. | Gudeliai (Pajevonys) |
| Kairių km. | 6 | Kairių km. | Kairiai (Vilkaviškis) |
| Karklupėnų km. | 6 | Karklupėnų km. | Karklupėnai |
| Kylininkų km. | 2,5 | Kylininkų km. | Kylininkai |
| Klėtkininkų km. | 3 | Klėtkininkų km. | Klėtkininkai |
| Kunigiškių km. | 0 | Kunigiškių km. | Kunigiškiai (Pajevonys) |
| Liubiškių km. | 5,5 | Liubiškių km. | Liubiškiai |
| Nevadolės km. | 8,5 | Nevadolės km. | Navadolė |
| Pajevonio km. | 6,5 | Pajevonio km. | Pajevonys |
| Ragaišių km. | 1 | Ragaišių km. | Ragaišiai (Vilkaviškis) |
| Svėrių km. | 7,5 | Svėrių km. | Svėriai |
| Torieliškių km. | 4,5 | Torieliškių km. | Torieliškiai |
| Vaišnių km. | 6,5 | Vaišnių km. | Vaišniai |
| Vaišvilų km. | 6,5 | Vaišvilų km. | Vaišvilai |
| Žinyno I dalis | Žinyno II dalis | Gyvenvietės straipsnis |
|---|
| Gyvenvietė | Atstumas, km | Gyvenvietė |
|---|
| Bajorų km. | 0 | Bajorų km. | Bajorai (Kybartai) |
| Gervinės km. | 0,5 | Gervinės km. | Gervinė (Vilkaviškis) |
| Lipniškių km. | 2,5 | Lipniškių km. | Lipniškiai (Vilkaviškis) |
| Prapuolenių km. | 5,5 | Prapuolenių km. | Prapuoleniai |
| Sakalupio km. | 5 | Sakalupio km. | Sakalupis |
| Slibinų km. | 8,5 | Slibinų km. | Slibinai |
| Stanaičių km. | 2,5 | Stanaičių km. | Stanaičiai (Vilkaviškis) |
| Stulgelių km. | 7 | Stulgelių km. | Stulgeliai |
| Žagrėnų km. | 2,5 | Žagrėnų km. | Žagrėnai |
| Žinyno I dalis | Žinyno II dalis | Gyvenvietės straipsnis |
|---|
| Gyvenvietė | Atstumas, km | Gyvenvietė |
|---|
| Balandėlių km. | 3,5 | Balandėlių km. | Balandėliai (Vilkaviškis) |
| Būdviečių km. | 4 | Būdviečių km. | Būdviečiai |
| Gužučių km. | 4 | Gužučių km. | Gužučiai (Pajevonys) |
| Ivanovkos km. | 6 | Ivanovkos km. | Ivanovka (Vilkaviškis) |
| Jakiškių km. | 2,5 | Jakiškių km. | Jakiškiai (Vilkaviškis) |
| Karalkrėslio km. | 0 | Karalkrėslio km. | Karalkrėslis |
| Mėšlinių km. | 5,5 | Mėšlinių km. | Mėšliniai |
| Sodėnų km. | 3 | Sodėnų km. | Sodėnai (Vilkaviškis) |
| Stolaukio km. | 2 | Stolaukio km. | Stolaukis |
| Trilaukio km. | 4 | Trilaukio km. | Trilaukys |
| Užbalių km. | 1,5 | Užbalių km. | Užbaliai |
| Užupių km. | 2 | Užupių km. | Užupiai (Vilkaviškis) |
| Vasiliavo km. | 6,8 | Vasiliavo km. | Vasiliavas |