1959 metais Prienų rajonas buvo suskirstytas į 13 apylinkių. Apylinkės ir jų gyvenvietės 1959 m. vasario 1 d. duomenimis buvo aprašytos suskirstymo žinyno dviejose dalyse – I dalyje pagal administracinę priklausomybę (taip pat nurodant atstumą iki administracinio centro), II dalyje – pagal abėcėlę. Didžioji dauguma gyvenviečių buvo nurodytos kilmininko linksniu, mažuma (daugiausia miesto vietovės) – vardininko.
| Miestas | Miesto tipo gyvenvietė | Apylinkė | Centras | Atstumas iki rajono centro, km | Plotas, km² | Ūkiai |
|---|
| Prienai | | | | 0 | 5 | |
| Balbieriškis | | | 15 | 4,18 | |
| Birštonas | | | 7 | 5 | |
| | Alksniakiemio apylinkė | Važatkiemis | 7 | 29 | K. Požėlos vardo kolūkis |
| | Antakalnio apylinkė | Ašminta | 7 | 32 | „Lenino kelio“ kolūkis, „Antakalnio“ kolūkis, P. Cvirkos vardo kolūkis, „Vangų“ kolūkis |
| | Balbieriškio apylinkė | Balbieriškis | 15 | 37,12 | Kalinino vardo kolūkis, „Saulėtekio“ kolūkis |
| | Birštono apylinkė | Birštonas | 7 | 71,94 | „Birštono“ kolūkis, „Nemuno“ kolūkis, „Spartuolio“ kolūkis |
| | Išlaužo apylinkė | Išlaužas | 12 | 56,7 | J. Žemaitės vardo kolūkis, „Gražučių“ kolūkis |
| | Jiestrakio apylinkė | Jiestrakis | 23 | 48 | „Šviesiosios ateities“ kolūkis, „Piliakalnio“ kolūkis, „Ąžuolo“ kolūkis |
| | Juodaraisčio apylinkė | Klebiškis | 8 | 45 | „Avangardo“ kolūkis, S. Nėries vardo kolūkis |
| | Kunigiškių apylinkė | Vazgaikiemis | 13 | 66 | Ždanovo vardo kolūkis, „Draugystės“ kolūkis, „Kovo Aštuntosios“ kolūkis |
| | Mackių apylinkė | Mackiai | 20 | 46 | „Švyturio“ kolūkis, „Aušros“ kolūkis |
| | Mačiūnų apylinkė | Mačiūnai | 3 | 54 | J. Janonio vardo kolūkis, „Taikos“ kolūkis, „Vienybės“ kolūkis |
| | Naujos Ūtos apylinkė | Nauja Ūta | 14 | 58 | „Jaunosios Gvardijos“ kolūkis, „Pavasario ryto“ kolūkis |
| | Pakuonio apylinkė | Pakuonis | 13 | 47 | „Pergalės“ kolūkis, Daukšiagirio tarybinio ūkio Pagermonio ir Patamulšio skyriai |
| | Šilavoto apylinkė | Šilavotas | 14 | 50 | „Gegužės Pirmosios“ kolūkis, „Gintaro“ kolūkis |
Miesto vietovės
| Žinyno I dalis | Žinyno II dalis | Gyvenvietės straipsnis |
|---|
| Gyvenvietė | Atstumas, km | Gyvenvietė |
|---|
| Balbieriškis, m. t. g-tė | | Balbieriškio m. t. g-tė | Balbieriškis |
| Birštonas, m. t. g-tė | | Birštono m. t. g-tė | Birštonas |
| Prienai, m. | | Prienų m. | Prienai |
| Žinyno I dalis | Žinyno II dalis | Gyvenvietės straipsnis |
|---|
| Gyvenvietė | Atstumas, km | Gyvenvietė |
|---|
| Alksniakiemio km. | 1,5 | Alksniakiemio km. | Alksniakiemis |
| Davaitbalio km. | 1 | Davaidbalio km. | Davaitbalis |
| Kalvių km. | 3,5 | Kalvių km. | Kalviai (Prienai) |
| Kampiškių km. | 3,5 | Kampiškių km. | Kampiškiai (Birštonas) |
| Naujojo Rūdupio km. | 3 | Naujojo Rūdupio km. | Naujasis Rūdupis |
| Pociūnų km. | 1,5 | Pociūnų km. | Pociūnai (Prienai) |
| Pošvinčio km. | 2 | Pošvenčio km. | Pošventis |
| Rūdupio km. | 3 | Rūdupio km. | Rūdupis (Prienai) |
| Šmitiškių km. | 3 | Šmitiškių km. | Šmitiškės |
| Važatkiemio km. | 0 | Važatkiemio km. | Važatkiemis |
| Žarijų km. | 1,5 | Žarijų km. | Žarijos |
| Žinyno I dalis | Žinyno II dalis | Gyvenvietės straipsnis |
|---|
| Gyvenvietė | Atstumas, km | Gyvenvietė |
|---|
| Armaniškių km. | 3 | Armaniškių km. | Armaniškiai (Prienai) |
| Čepeliškių km. | 6 | Čepeliškių km. | Čepeliškiai |
| Dambravos km. | 5 | Dambravos km. | Dambrava |
| Garšvinės km. | 5,5 | Garšvinės km. | Garšvinė (Prienai) |
| Gražučių km. | 4 | Gražučių km. | Gražučiai |
| Gustaitynės km. | 5 | Gustaitynės km. | Gustaitynė |
| Išlaužo km. | 0 | Išlaužo km. | Išlaužas |
| Kazimieravos km. | 6 | Kazimieravos km. | Kazimierava (Išlaužas) |
| Kliokiškių km. | 7 | Kliokiškių km. | Kliokiškė |
| Lapupio km. | 1 | Lapupio km. | Lapupys |
| Mogiškių km. | 3 | Mogiškių km. | Mogiškės |
| Pakumprio km. | 4 | Pakumprio km. | Pakumprys |
| Ringalavos km. | 4 | Ringalavos km. | Ringalava |
| Rutkiškių km. | 5 | Rutkiškių km. | Rutkiškės |
| Sprindiškių km. | 4 | Sprindiškių km. | Sprindiškės (Prienai) |
| Šaltupio km. | 3 | Šaltupio km. | Šaltupis (Prienai) |
| Trakinės km. | 3 | Trakinės km. | Trakinė (Prienai) |
| Valengiškių km. | 2 | Valengiškių km. | Valengiškės |
| Žinyno I dalis | Žinyno II dalis | Gyvenvietės straipsnis |
|---|
| Gyvenvietė | Atstumas, km | Gyvenvietė |
|---|
| Elzbiecinkos km. | 2 | Elzbiecinkos km. | Elzbietiškis |
| Jasenavos km. | 5,5 | Jasenavos km. | Jasenava |
| Jiestrakio km. | 0 | Jiestrakio km. | Jiestrakis |
| Kuišių km. | 4 | Kuišių km. | Kuišiai |
| Maldabūdžio km. | 1,5 | Maldabūdžio km. | Maldabūdis |
| Meškinės km. | 2 | Meškinės km. | Meškinė (Prienai) |
| Mieldažiškių km. | 3 | Mieldažiškio km. | Mieldažiškės |
| Naujo Mikališkio km. | 2 | Naujo Mikališkio km. | Naujasis Mikališkis |
| Naujo Skrynupio km. | 2 | Naujo Skrynupio km. | Naujasis Skrynupis |
| Paskrynupio km. | 3 | Paskrynupio km. | Paskrynupys |
| Pašlavančio km. | 3 | Pašlavančio km. | Pašlavantys (Šilavotas) |
| Sarginės km. | 0,5 | Sarginės km. | Sarginė |
| Skrynupio km. | 3,5 | Skrynupio km. | Skrynupis |
| Stuomenų km. | 3,5 | Stuomenų km. | Stuomenai |
| Varnakės km. | 1,5 | Varnakės km. | Varnakė |
| Vicentavo km. | 3 | Vincentavo km. | Vincentava (Šilavotas) |
| Žinyno I dalis | Žinyno II dalis | Gyvenvietės straipsnis |
|---|
| Gyvenvietė | Atstumas, km | Gyvenvietė |
|---|
| Antaniškių km. | 3 | Antaniškių km. | Antaniškiai (Prienai) |
| Būdviečio km. | 6 | Būdviečio km. | Būdvietės |
| Čepeliškių km. | 4 | Čepeliškių km. | Čepeliškiai |
| Juodaraisčio km. | 2 | Juodaraisčio km. | Juodaraistis |
| Kalveliškių km. | 7 | Kalveliškių km. | Kalveliškės |
| Klebiškio km. | 0 | Klebiškio km. | Klebiškis |
| Lankelių km. | 6,5 | Lankelių km. | Lankelės (Prienai) |
| Liepabūdžio km. | 7 | Liepabūdžio km. | Liepabūdis |
| Liepaloto km. | 7 | Liepaloto km. | Liepalotas (Veiveriai) |
| Molinės vk. | 5 | Molinės vk. | Molinė (Prienai) |
| Naraukelio km. | 4 | Naraukelio km. | Naraukelis |
| Naujo Klebiškio km. | 6 | Naujo Klebiškio km. | Naujasis Klebiškis |
| Pajėsio km. | 5 | Pajėsio km. | Pajiesys (Prienai) |
| Pajuodupio km. | 3 | Pajuodupio km. | Pajuodupis (Prienai) |
| Pakiauliškio km. | 2 | Pakiauliškio km. | Pakiauliškis |
| Prienlaukio km. | 2 | Prienlaukio km. | Prienlaukys |
| Svičioliškio km. | 6 | Svičioliškio km. | Švenčiaviškis |
| Šaulių km. | 3 | Šaulių km. | Šauliai (Prienai) |
| Šiūrupio km. | 6 | Šiūrupio km. | Šiūrupys |
| Žinyno I dalis | Žinyno II dalis | Gyvenvietės straipsnis |
|---|
| Gyvenvietė | Atstumas, km | Gyvenvietė |
|---|
| Gudiškių km. | 3,5 | Gudiškių km. | Gudiškė (Prienai) |
| Kieliškio km. | 8 | Kieliškio km. | Kieliškas |
| Kirmėliškių km. | 6 | Kirmėliškių km. | Kirmėliškės (Prienai) |
| Mackių km. | 0 | Mackių km. | Mackiai |
| Navasiolkos km. | 3 | Navasiolkos km. | Navasiolka (Prienai) |
| Premezio km. | 1,5 | Premezio km. | Pramezys |
| Putriškių km. | 4,5 | Putrišių km. | Putrišiai |
| Rudžiakampių km. | 6,5 | Rudžiakampių km. | Rudžiakampiai |
| Sūkurių km. | 1 | Sūkurių km. | Sūkuriai |
| Vaivos km. | 5 | Vaivos km. | Vaiva (Prienai) |
| Žagarių km. | 3 | Žagarių km. | Žagariai (Prienai) |
| Žiūronių km. | 4 | Žiūronių km. | Žiūronys |
Naujos Ūtos apylinkė
| Žinyno I dalis | Žinyno II dalis | Gyvenvietės straipsnis |
|---|
| Gyvenvietė | Atstumas, km | Gyvenvietė |
|---|
| Aštuonėlių km. | 0,5 | Aštuonėlio km. | Aštuonėliai |
| Bačkininkėlių km. | 3 | Bačkininkėlių km. | Bačkininkėliai |
| Bučkiemio km. | 1 | Bučkiemio km. | Būčkiemis |
| Daukšiagirio km. | 1,5 | Daukšiagirio km. | Daukšiagirė |
| Jokimiškio km. | 5 | Jokimiškio km. | Jokimiškis |
| Kėbliškių km. | 1 | Kėbliškių km. | Kėbliškiai |
| Kudirkų km. | 4 | Kudirkų km. | Kudirkos |
| Laukiškių km. | 6 | Laukiškių km. | Laukiškės |
| Naujadvario km. | 2 | Naujadvario km. | Naujadvaris (Prienai) |
| Naujų Vangų km. | 1,5 | Naujų Vangų km. | Naujieji Vangai |
| Pagermonio km. | 4 | Pagermonio km. | Pagirmuonys |
| Pakuonio km. | 0,4 | Pakuonio km. | Pakuonis (kaimas) |
| Pakuonio m-lis | 0 | Pakuonio m-lis | Pakuonis |
| Patamulšio km. | 3 | Patamulšio km. | Patamulšys |
| Purvininkų km. | 6 | Purvininkų km. | Purvininkai |
| Sabalinų km. | 4 | Sabalinų km. | Sabalėnai |
| Seniūnų km. | 2 | Seniūnų km. | Seniūnai |
| Sodybų km. | 3,5 | Sodybų km. | Sodybos (Prienai) |
| Žinyno I dalis | Žinyno II dalis | Gyvenvietės straipsnis |
|---|
| Gyvenvietė | Atstumas, km | Gyvenvietė |
|---|
| Ingavangio km. | 3 | Ingavangio km. | Ingavangis |
| Lėgiškio km. | 1 | Lėsiškio km. | Lėsiškis |
| Mielaiškampio km. | 5 | Mielaiškampio km. | Mieleiškampis |
| Mieldažiškių km. | 2 | Mieldažiškių km. | Mieldažiškės |
| Mikalinės km. | 1 | Mikalinės km. | Mikalinė (Prienai) |
| Naujasodžio km. | 1 | Naujasodžio km. | Naujasodis (Prienai) |
| Pagirėlių km. | 1,5 | Pagirėlių km. | Pagirėliai (Prienai) |
| Pagraižio km. | 2 | Pagraižio km. | Pagraižys |
| Palaukščioto km. | 1,5 | Palaukščioto km. | Palaukščiotys |
| Pašlavančio km. | 6 | Pašlavančio km. | Pašlavantys (Šilavotas) |
| Pažarsčio km. | 3 | Pažarsčio km. | Pažarstis |
| Raudonupio km. | 2,5 | Raudonupio km. | Raudonupis |
| Rūdiškių km. | 1,5 | Rūdiškių km. | Rūdiškės (Šilavotas) |
| Rūdos km. | 1 | Rūdos km. | Rūda (Prienai) |
| Šilavoto km. | 0 | Šilavoto km. | Šilavotas |
| Žarstos km. | 4 | Žarstos km. | Žarsta |